詳細検索はこちら
※苗字と名前の間にスペースをあけ、入力してください

中村 周吾ナカムラ シュウゴ

所属・担当
情報連携学科
職名教授
メールアドレス
ホームページURL
生年月日
Last Updated :2017/08/23

研究者基本情報

学歴

  • 1991年04月 - 1995年07月, 東京大学, 大学院農学系研究科, 応用生命工学専攻
  • 1989年04月 - 1991年03月, 東京大学, 工学部, 計数工学科

学位

  • 修士(農学), 東京大学
  • 博士(農学), 東京大学

所属学協会

  • 生物物理学会
  • 日本蛋白質科学会
  • 日本バイオインフォマティクス学会

経歴

  •   2017年04月 - 現在, 東洋大学, 情報連携学部, 教授
  •   2016年04月 - 2017年03月, 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授
  •   2012年04月 - 2016年03月, 東京大学, 大学院情報学環, 准教授
  •   2002年02月 - 2012年03月, 東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授
  •   1995年08月 - 2002年01月, 東京大学, 大学院農学系研究科, 助手

研究活動情報

研究分野

  • 生物科学, 生物物理学

研究キーワード

    計算機科学, 生物情報工学, 生命情報科学

論文

  • Development of a sugar-binding residue prediction system from protein sequences using support vector machine., Banno M, Komiyama Y, Cao W, Oku Y, Ueki K, Sumikoshi K, Nakamura S, Terada T, Shimizu K, Computational biology and chemistry, 66, 36 - 43,   2017年02月
  • Development of a protein-ligand-binding site prediction method based on interaction energy and sequence conservation., Tsujikawa H, Sato K, Wei C, Saad G, Sumikoshi K, Nakamura S, Terada T, Shimizu K, Journal of structural and functional genomics, 17, (2-3) 39 - 49,   2016年09月
  • Co-lyophilized Aspirin with Trehalose Causes Less Injury to Human Gastric Cells and Gastric Mucosa of Rats., Lin LS, Kayasuga-Kariya Y, Nakamura S, Shimohata N, Sakai T, Fujisawa A, Akagi Y, Suzuki S, Chung UI, Sasaki N, Mochizuki M, Digestive diseases and sciences, 61, (8) 2242 - 2251,   2016年08月
  • Comprehensive study of liposome-assisted synthesis of membrane proteins using a reconstituted cell-free translation system., Niwa T, Sasaki Y, Uemura E, Nakamura S, Akiyama M, Ando M, Sawada S, Mukai SA, Ueda T, Taguchi H, Akiyoshi K, Scientific reports, 5,   2015年12月
  • The Dysferlin Domain-Only Protein, Spo73, Is Required for Prospore Membrane Extension in Saccharomyces cerevisiae., Okumura Y, Nakamura TS, Tanaka T, Inoue I, Suda Y, Takahashi T, Nakanishi H, Nakamura S, Gao XD, Tachikawa H, mSphere, 1, (1) ,   2016年01月
  • Identification of the Flavonoid Luteolin as a Repressor of the Transcription Factor Hepatocyte Nuclear Factor 4α., Li J, Inoue J, Choi JM, Nakamura S, Yan Z, Fushinobu S, Kamada H, Kato H, Hashidume T, Shimizu M, Sato R, The Journal of biological chemistry, 290, (39) 24021 - 24035,   2015年09月
  • Ionic interactions. Subnanoscale hydrophobic modulation of salt bridges in aqueous media., Chen S, Itoh Y, Masuda T, Shimizu S, Zhao J, Ma J, Nakamura S, Okuro K, Noguchi H, Uosaki K, Aida T, Science (New York, N.Y.), 348, (6234) 555 - 559,   2015年05月
  • Tyrosine Kinase Ligand-Receptor Pair Prediction by Using Support Vector Machine., Yarimizu M, Wei C, Komiyama Y, Ueki K, Nakamura S, Sumikoshi K, Terada T, Shimizu K, Advances in bioinformatics, 2015,   2015年
  • Large-scale analysis of macromolecular crowding effects on protein aggregation using a reconstituted cell-free translation system., Niwa T, Sugimoto R, Watanabe L, Nakamura S, Ueda T, Taguchi H, Frontiers in microbiology, 6,   2015年
  • Structural basis of the divergent oxygenation reactions catalyzed by the rieske nonheme iron oxygenase carbazole 1,9a-dioxygenase., Inoue K, Usami Y, Ashikawa Y, Noguchi H, Umeda T, Yamagami-Ashikawa A, Horisaki T, Uchimura H, Terada T, Nakamura S, Shimizu K, Habe H, Yamane H, Fujimoto Z, Nojiri H, Applied and environmental microbiology, 80, (9) 2821 - 2832,   2014年05月
  • Engineering the allosteric properties of archaeal non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases., Ito F, Miyake M, Fushinobu S, Nakamura S, Shimizu K, Wakagi T, Biochimica et biophysica acta, 1844, (4) 759 - 766,   2014年04月
  • Identification of the catalytic residues of sequence-specific and histidine-free ribonuclease colicin E5., Inoue-Ito S, Yajima S, Fushinobu S, Nakamura S, Ogawa T, Hidaka M, Masaki H, Journal of biochemistry, 152, (4) 365 - 372,   2012年10月
  • Prospects for tertiary structure prediction of RNA based on secondary structure information., Yamasaki S, Nakamura S, Fukui K, Journal of chemical information and modeling, 52, (2) 557 - 567,   2012年02月
  • Mutually exclusive expression of Gαia and Gα14 reveals diversification of taste receptor cells in zebrafish., Ohmoto M, Okada S, Nakamura S, Abe K, Matsumoto I, The Journal of comparative neurology, 519, (8) 1616 - 1629,   2011年06月
  • BUDDY-system: A web site for constructing a dataset of protein pairs between ligand-bound and unbound states., Morita M, Terada T, Nakamura S, Shimizu K, BMC research notes, 4,   2011年05月
  • Prediction of N-myristoylation modification of proteins by SVM., Cao W, Sumikoshi K, Nakamura S, Terada T, Shimizu K, Bioinformation, 6, (5) 204 - 206,   2011年
  • Industry Track: An Image Classification and Browsing System for Farm Inspection., Masaki Ishihara,Shugo Nakamura,Takayuki Baba,Masahiko Sugimura,Susumu Endo,Yusuke Uehara,Daiki Masumoto, 2011 IEEE International Symposium on Multimedia, ISM 2011, Dana Point, CA, USA, December 5-7, 2011, 357 - 362,   2011年
  • Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins., Cao Wei,Kazuya Sumikoshi,Tohru Terada,Shugo Nakamura,Katsuhiko Kitamoto,Kentaro Shimizu, Bioinformatics and Computational Biology, First International Conference, BICoB 2009, New Orleans, LA, USA, April 8-10, 2009. Proceedings, 164 - 175,   2009年
  • Insight of the Signal Motif of GPI-(like)-anchored Proteins by using SVM., Cao Wei,Kazuya Sumikoshi,Tohru Terada,Shugo Nakamura,Kentaro Shimizu, Proceedings of the 2006 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology, BIOCOMP'06, Las Vegas, Nevada, USA, June 26-29, 2006, 541 - 546,   2006年
  • DNA microarray analysis of cranial sensory Ganglia identifies genes involved in somatosensation in craniofacial structures including oropharynx related to food intake., Matsumoto I, Nakamura S, Arai S, Emori Y, Abe K, Chemical senses, 30 Suppl 1, i10 - 1,   2005年01月
  • Programming Environment Based on Distributed Shared Arrays for High-Performance Scientific Computing., Akira Nomoto,Wataru Kaneko,Tohru Terada,Shugo Nakamura,Kentaro Shimizu, 2004 Symposium on Applications and the Internet Workshops (SAINT 2004 Workshops), 26-30 January 2004, Tokyo, Japan, 630 - 637,   2004年
  • Design and Implementation of a Parallel Programming Environment Based on Distributed Shared Arrays., Wataru Kaneko,Akira Nomoto,Yasuo Watanabe,Shugo Nakamura,Kentaro Shimizu, High Performance Computing, 5th International Symposium, ISHPC 2003, Tokyo-Odaiba, Japan, October 20-22, 2003, Proceedings, 402 - 411,   2003年
  • Automatic Improvement of Scheduling Policies in Parsley Parallel Programming Environment., Masakazu Sekijima,Shinya Takasaki,Shugo Nakamura,Kentaro Shimizu, International Conference on Parallel and Distributed Computing Systems, PDCS 2002, November 4-6, 2002, Cambridge, USA, 375 - 380,   2002年
  • Prediction of protein structure classes and secondary structures by means of hidden Markov models., Hiroshi Yoshikawa,Mitsunori Ikeguchi,Shugo Nakamura,Kentaro Shimizu,Junta Doi, Systems and Computers in Japan, 30, (13) 13 - 22,   1999年

MISC

  • タンパク質の溶解度と配列・構造特徴との網羅的相関解析, 中村周吾, 丹羽達也, 清水謙多郎, 田口英樹, 上田卓也, 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 16th,   2016年05月19日
  • 機械学習を用いたタンパク質機能予測における配列特徴の抽出法の検討, 植木快, 中村周吾, 角越和也, 清水謙多郎, 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 15th,   2015年05月26日
  • タンパク質の溶解度と配列・構造特徴の相関解析および溶解度予測ツールの開発, 中村周吾, 丹羽達也, 田口英樹, 上田卓也, 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 15th,   2015年05月26日
  • 希少放線菌Actinoplanes missouriensisの運動性胞子の走化性制御メカニズムの解析, 木村知宏, 手塚武揚, 中村周吾, 奥寛雅, 大西康夫, 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2015,   2015年03月05日
  • 位置特異的スコアリングマトリックスとサポートベクターマシーンを用いた脂質結合タンパク予測手法の開発, 植木快, 番野雅城, 中村周吾, 清水謙多郎, 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 14th,   2014年05月26日
  • 好酸好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来の非リン酸化型グリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素におけるアロステリック制御にともなう構造変化, 伊藤史晃, 三宅将之, 中村周吾, 清水謙多郎, 伏信進矢, 若木高善, 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2014,   2014年03月05日
  • 希少放線菌Actinoplanes missouriensis運動性胞子のトラッキング顕微鏡観察, 木村知宏, 手塚武揚, 中村周吾, 奥寛雅, 大西康夫, 日本放線菌学会大会講演要旨集, 28th,   2013年09月05日
  • 好酸好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来の非リン酸化型グリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素におけるアロステリック制御の解析, 伊藤史晃, 知識秀祐, 清水謙多郎, 中村周吾, 伏信信矢, 若木高善, 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 13th,   2013年05月31日
  • 超好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来のnon‐phosphorylating glyceraldehyde‐3‐phosphate dehydrogenaseにおけるアロステリック制御の解析, 伊藤史晃, 知識秀祐, 中村周吾, 清水謙多郎, 伏信進矢, 若木高善, 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2013,   2013年03月05日
  • 古細菌由来の非リン酸化型グリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素におけるアロステリック制御の解析, 伊藤史晃, 知識秀祐, 中村周吾, 清水謙太郎, 伏信進矢, 若木高善, 日本農芸化学会関東支部受賞記念講演およびシンポジウム講演要旨集, 2012,   2012年10月27日
  • 好酸好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来のグリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素の機能解析, 伊藤史晃, 知識秀祐, 中村周吾, 清水謙多郎, 伏信進矢, 若木高善, 日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012,   2012年03月05日
  • アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測と4次構造予測, 中村周吾, 森田瑞樹, 角田将典, 生化学,   2011年
  • タンパク質主鎖2面角の密度推定, 角田将典, 中村周吾, 清水謙多郎, 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 10th,   2010年05月15日
  • 魚類T2R味覚受容体の発現様式, 岡田晋治, 中村周吾, 三坂巧, 阿部啓子, 日本農芸化学会大会講演要旨集, 2010,   2010年03月05日
  • 次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線 第1章 インシリコ創薬進展に向けた次世代創薬基盤技術 3.タンパク質立体構造予測 2)de novoモデリング, 中村周吾, 清水謙多郎, 遺伝子医学MOOK,   2009年09月30日
  • 抗ジベレリン抗体に対する抗メタタイプペプチドのスクリーニング, 稲葉絢子, 中村周吾, 清水謙多郎, 浅見忠男, 鈴木義人, 日本農薬学会大会講演要旨集, 34th,   2009年02月27日
  • γ phage由来lysin PlyGBのBacillus anthracis特異的結合に関する解析, 吉川ひとみ, 藤波良仁, 中村周吾, 鈴木真一, 安田二朗, 上田卓也, 日本分子生物学会年会講演要旨集, 32nd,   2009年
  • CASP8会議参加報告, 中村周吾, 森田瑞樹, 本野千恵, 生物物理, 49, (3) 151 - 152,   2009年
  • 抗活性型ジベレリン抗体の抗メタタイプペプチドの解析, 稲葉絢子, 中村周吾, 清水謙太郎, 浅見忠男, 鈴木義人, 植物の生長調節, 43,   2008年10月06日
  • タンパク質のオーダー・ディスオーダーループの配列構造相関の解析, 中村周吾, 清水謙多郎, 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 8th,   2008年05月23日
  • タンパク質ペアに対するカーネル関数を用いたタンパク質間相互作用予測, 角田将典, 角越和也, 中村周吾, 清水謙多郎, 日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 8th,   2008年05月23日
  • アミノ酸配列によるタンパク質disorder領域の予測, 石田貴士, 中村周吾, 清水謙多郎, 物性研究, 86, (1) 56 - 60,   2006年
  • 核酸・タンパク質複合体の基準振動モード解析, 計測と制御, 40, (8) 598 - 603,   2001年
  • サブタスク間の依存関係に基づくスケジューリング機構を備えた並列プログラミング環境の開発, 情報処理学会論文誌プログラミング , 41, SIG 2(PRO 6), 65-77,   2000年
  • 水/尿素混合系における疎水性相互作用, 池口満徳, 中村周吾, 清水謙多郎, タンパク質構造討論会講演要旨集, 50th,   1999年06月15日
  • 分子動力学法を用いた自由エネルギーの効率的計算手法の開発, 村田達也, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, タンパク質構造討論会講演要旨集, 50th,   1999年06月15日
  • 分子動力学シミュレーションの並列化における分割法の一考察, 西村健, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 情報処理学会研究報告, 99, (21(ARC-132 OS-80 HPC-75)) 61 - 66,   1999年03月04日
  • ARS-tRNA複合体のダイナミクス解析, 生物物理, 39,   1999年
  • 蛋白質変性における変性剤作用の理論的解析, 池口満徳, 清水青史, 中村周吾, 清水謙多郎, 溶液化学シンポジウム講演要旨集, 21st,   1998年10月
  • 動的資源管理機能を備えた並列プログラミング環境の開発と分子動力学シミュレーションへの応用, 関嶋政和, 村田達也, 正木宏和, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 情報処理学会全国大会講演論文集, 57th,   1998年10月
  • tRNA‐ARS複合体の動特性解析, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 36th,   1998年09月
  • 主成分分析法を用いたtRNA遺伝子の分子進化に関する研究, 相良純一, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 36th,   1998年09月
  • 分子動力学法の並列アルゴリズムの開発, 関嶋政和, 村田達也, 正木宏和, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 36th,   1998年09月
  • 水/変性剤混合系の疎水性相互作用, 池口満穂, 中村周吾, 清水兼多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 36th,   1998年09月
  • 隠れマルコフモデルによるタンパク質の構造クラス予測と2次構造予測, 吉川裕, 池口満徳, 中村周吾, 清水謙多郎, 土井淳多, 電子情報通信学会論文誌 D-2, J81-D-2, (7) 1656 - 1665,   1998年07月
  • サブタスク分割による分子動力学シミュレーションの並列化 サブタスク間の依存関係を考慮した並列計算方式, 村田達也, 関嶋政和, 正木宏和, 宮田忠明, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 情報処理学会全国大会講演論文集, 56th,   1998年03月
  • 隠れマルコフモデルによるタンパク質構造クラスの解析, 吉川裕, 池口満徳, 中村周吾, 清水謙多郎, 土井淳多, 電子情報通信学会論文誌, J81-D-II, (7) 1656 - 1665,   1998年
  • tRNA-ARS複合体の動特性解析, 生物物理, 38,   1998年
  • 多変量解析を用いた遺伝子解析手法によるtRNA遺伝子の解析, 相良純一, 清水青史, 川端猛, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 35th,   1997年09月
  • 連続空間での蛋白質foldingにおけるfunnel理論の研究, 広瀬仁, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 35th,   1997年09月
  • 並列構造探索システムの構築と核酸ミニヘアピン分子への適用, 中村周吾, 池口満徳, 広瀬仁, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 35th,   1997年09月
  • 並列構造探索システムの構築と核酸ミニヘアピン分子への適用, 生物物理, 37,   1997年
  • Mean Field Optimizationによる蛋白質局所構造予測法の開発, 加藤晋一郎, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 34th,   1996年10月
  • 蛋白質の立体構造予測のための高速大域最小化アルゴリズム, 広瀬仁, 中村周吾, 池口満徳, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 34th,   1996年10月
  • 分子動力学法に基づく水和熱力学量計算法の開発, 池口満徳, 清水青史, 田崎康一, 中村周吾, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 34th,   1996年10月
  • DNAミニヘアピン分子の熱安定性の解析, 中村周吾, 田崎康一, 池口満徳, 清水謙多郎, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 34th,   1996年10月
  • DNAミニヘアピン分子の熱安定性の解析, 生物物理, 36,   1996年
  • 拡散方程式法の改良による分子のエネルギ-最小化, 分子研セミナー,   1996年
  • 拡散方程式法の改良によるエネルギー最小化と核酸ミニヘアピン分子への適用, 中村周吾, 広瀬仁, 池口満徳, 土井淳多, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 33rd,   1995年08月
  • 拡散方程式法の改良によるエネルギ-最小化の核酸ミニヘアピン分子への適用, 生物物理, 35,   1995年
  • 核酸分子の基準振動モード解析, 中村周吾, 土井淳多, 日本生物物理学会年会講演予稿集, 32nd,   1994年09月
  • 核酸分子の基準振動モ-ド解析, 生物物理, 34,   1994年
  • Tsai法によるカメラキャリブレーションの検討, 中村周吾, 出口光一郎, 計測自動制御学会学術講演会予稿集, 30th, (Domestic Session) 881 - 882,   1991年

書籍等出版物

  • 分子シミュレーションの並列計算法, 化学フロンティア8「生体系のコンピュータ・シミュレーション」, 岡崎, 岡本編, 50-62
    化学同人  2002年
  • バイオインフォマティクス・コンピューティング, Bryan Bergeron著, 清水, 中村監訳
    オーム社  2004年
  • タンパク質立体構造予測 -de novoモデリング-, 遺伝子医学MOOK 14「次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線」, 竹田-志鷹, 梅山編, 49-54
    メディカルドゥ  2009年

競争的資金

  • 生体高分子の高次構造予測に関する研究
  • 生体高分子のダイナミクス解析
  • 生体高分子シミュレーションの並列アルゴリズムの開発