中村 周吾
| 情報連携学部情報連携学科 | 教授 |
| 情報連携学研究科情報連携学専攻 | 教授 |
| 情報連携学学術実業連携機構 | 研究員 |
Last Updated :2026/07/15
■研究者基本情報
■経歴
経歴
- 2017年04月 - 現在
東洋大学, 情報連携学部, 教授 - 2016年04月 - 2017年03月
東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授 - 2002年02月 - 2017年03月
Associate Professor, The Univ. of Tokyo - 2012年04月 - 2016年03月
東京大学, 大学院情報学環, 准教授 - 2002年02月 - 2012年03月
東京大学, 大学院農学生命科学研究科, 准教授 - 1995年08月 - 2002年01月
東京大学, 大学院農学系研究科, 助手 - 1995年08月 - 2002年01月
Assitant Professor, The Univ. of Tokyo
学歴
■研究活動情報
論文
- Simulation of Pedestrian Flow on Escalators
Akiho Yamaguchi; Shugo Nakamura; Takashi Sano; Hirotada Honda
2026 International Conference on Artificial Intelligence in Information and Communication (ICAIIC), 2026年02月24日 - Investigation of Frame Differences as Motion Cues for Video Object Segmentation
Sota Kawamura; Hirotada Honda; Shugo Nakamura; Takashi Sano
Communications in Computer and Information Science (ICMLSC 2025), 2025年05月27日 - A unique substrate specificity of PonAAS2, an aromatic aldehyde synthase, involved in phytohormone auxin biosynthesis in a gall-inducing sawfly Euura sp. “Pontania”
Yoshihito Suzuki; Hikaru Ichikawa; Yuri Kunioka; Umi Miyata; Shugo Nakamura; Zui Fujimoto
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 2025年01月16日, ［査読有り］ - From Coupled Oscillators to Graph Neural Networks: Reducing Over-smoothing via a Kuramoto Model-based Approach
Tuan Nguyen; Hirotada Honda; Takashi Sano; Vinh Nguyen; Shugo Nakamura; Tan Minh Nguyen
Proceedings of The 27th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS2024), 2024年05月, ［査読有り］
ラスト(シニア)オーサー - Understanding Neural ODE prediction decision using SHAP
Phuong Dinh; Deddy Jobson; Takashi Sano; Hirotada Honda; Shugo Nakamura
Proceedings of the 5th Northern Lights Deep Learning Conference (NLDL), 2024年01月, ［査読有り］ - Large-scale identification of genes involved in septal pore plugging in multicellular fungi.
Md Abdulla Al Mamun; Wei Cao; Shugo Nakamura; Jun-Ichi Maruyama
Nature communications, 2023年03月17日, ［査読有り］ - An ODE-based neural network with Bayesian optimization
Hirotada Honda; Takashi Sano; Shugo Nakamura; Mitsuaki Ueno; Hiroki Hanazawa; Nguyen Manh Duc Tuan
JSIAM Letters, 2023年, ［査読有り］ - Maintenance and turnover of Sox2+ adult stem cells in the gustatory epithelium
Makoto Ohmoto; Shugo Nakamura; Hong Wang; Peihua Jiang; Junji Hirota; Ichiro Matsumoto
PLOS ONE, 2022年09月02日, ［査読有り］ - A novel Pezizomycotina‐specific protein with gelsolin domains regulates contractile actin ring assembly and constriction in perforated septum formation
Mamun MAA, Katayama T, Cao W, Nakamura S, Maruyama JI
Molecular Microbiology, 2020年05月, ［査読有り］ - Prediction of protein–metal ion-binding sites using sequence homology and machine-learning methods
Tian Z; Cao W; Moriwaki Y; Terada T; Nakamura S; Sumikoshi K; Fang C; Shimizu K
Advanced Bioinformatics & Chemistry, 2019年09月, ［査読有り］ - Significance of NS5B Substitutions in Genotype 1b Hepatitis C Virus Evaluated by Bioinformatics Analysis
Yoshihito Uchida; Shugo Nakamura; Jun-Ichi Kouyama; Kayoko Naiki; Daisuke Motoya; Kayoko Sugawara; Mie Inao; Yukinori Imai; Nobuaki Nakayama; Tomoaki Tomiya; Charlotte Hedskog; Diana Brainard; Hongmei Mo; Satoshi Mochida
Scientific Reports, 2018年12月01日, ［査読有り］ - Predicting protein-protein interactions using sequence homology and machine-learning methods
Tang Y; Cao W; Sumikoshi K; Nakamura S; Terada, T; Kadota K; Shimizu K
Research Journal of Life Sciences, Bioinformatics, Pharmaceutical and Chemical Sciences, 2017年09月, ［査読有り］ - Crystal structure of the 2-iminoglutarate-bound complex of glutamate dehydrogenase from Corynebacterium glutamicum
Takeo Tomita; Lulu Yin; Shugo Nakamura; Saori Kosono; Tomohisa Kuzuyama; Makoto Nishiyama
FEBS Letters, 2017年06月01日, ［査読有り］ - Development of a sugar-binding residue prediction system from protein sequences using support vector machine
Masaki Banno; Yusuke Komiyama; Wei Cao; Yuya Oku; Kokoro Ueki; Kazuya Sumikoshi; Shugo Nakamura; Tohru Terada; Kentaro Shimizu
COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY, 2017年02月, ［査読有り］ - Development of a protein–ligand-binding site prediction method based on interaction energy and sequence conservation
Hiroto Tsujikawa; Kenta Sato; Cao Wei; Gul Saad; Kazuya Sumikoshi; Shugo Nakamura; Tohru Terada; Kentaro Shimizu
Journal of Structural and Functional Genomics, 2016年09月01日, ［査読有り］ - Co-lyophilized Aspirin with Trehalose Causes Less Injury to Human Gastric Cells and Gastric Mucosa of Rats
Lee-Shuan Lin; Yuko Kayasuga-Kariya; Shugo Nakamura; Nobuyuki Shimohata; Takamasa Sakai; Ayano Fujisawa; Yuki Akagi; Shigeki Suzuki; Ung-il Chung; Nobuo Sasaki; Manabu Mochizuki
DIGESTIVE DISEASES AND SCIENCES, 2016年08月, ［査読有り］ - Development of a computational method for lipid-binding protein prediction
Kokoro Ueki; Kenta Sato; Shugo Nakamura; Tohru Terada; Kazuya Sumikoshi; Kentaro Shimizu
Research Journal of Life Sciences, Bioinformatics, Pharmaceutical and Chemical Sciences, 2016年, ［査読有り］ - The Dysferlin Domain-Only Protein, Spo73, Is Required for Prospore Membrane Extension in Saccharomyces cerevisiae
Yuuya Okumura; Tsuyoshi S. Nakamura; Takayuki Tanaka; Ichiro Inoue; Yasuyuki Suda; Tetsuo Takahashi; Hideki Nakanishi; Shugo Nakamura; Xiao-Dong Gao; Hiroyuki Tachikawa
MSPHERE, 2016年01月, ［査読有り］ - Comprehensive study of liposome-assisted synthesis of membrane proteins using a reconstituted cell-free translation system
Tatsuya Niwa; Yoshihiro Sasaki; Eri Uemura; Shugo Nakamura; Minato Akiyama; Mitsuru Ando; Shinichi Sawada; Sada-atu Mukai; Takuya Ueda; Hideki Taguchi; Kazunari Akiyoshi
SCIENTIFIC REPORTS, 2015年12月, ［査読有り］ - Large-scale analysis of macromolecular crowding effects on protein aggregation using a reconstituted cell-free translation system
Tatsuya Niwa; Ryota Sugimoto; Lisa Watanabe; Shugo Nakamura; Takuya Ueda; Hideki Taguchi
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY, 2015年10月, ［査読有り］ - Identification of the Flavonoid Luteolin as a Repressor of the Transcription Factor Hepatocyte Nuclear Factor 4α.
Li J; Inoue J; Choi JM; Nakamura S; Yan Z; Fushinobu S; Kamada H; Kato H; Hashidume T; Shimizu M; Sato R
The Journal of biological chemistry, 2015年09月, ［査読有り］ - Subnanoscale hydrophobic modulation of salt bridges in aqueous media
Shuo Chen; Yoshimitsu Itoh; Takuya Masuda; Seishi Shimizu; Jun Zhao; Jing Ma; Shugo Nakamura; Kou Okuro; Hidenori Noguchi; Kohei Uosaki; Takuzo Aida
SCIENCE, 2015年05月, ［査読有り］ - Tyrosine Kinase Ligand-Receptor Pair Prediction by Using Support Vector Machine
Masayuki Yarimizu; Cao Wei; Yusuke Komiyama; Kokoro Ueki; Shugo Nakamura; Kazuya Sumikoshi; Tohru Terada; Kentaro Shimizu
Advances in Bioinformatics, 2015年, ［査読有り］ - Structural Basis of the Divergent Oxygenation Reactions Catalyzed by the Rieske Nonheme Iron Oxygenase Carbazole 1,9a-Dioxygenase
Kengo Inoue; Yusuke Usami; Yuji Ashikawa; Haruko Noguchi; Takashi Umeda; Aiko Yamagami-Ashikawa; Tadafumi Horisaki; Hiromasa Uchimura; Tohru Terada; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu; Hiroshi Habe; Hisakazu Yamane; Zui Fujimoto; Hideaki Nojiri
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY, 2014年05月, ［査読有り］ - Engineering the allosteric properties of archaeal non-phosphorylating glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenases.
Ito F; Miyake M; Fushinobu S; Nakamura S; Shimizu K; Wakagi T
Biochimica et biophysica acta, 2014年04月, ［査読有り］ - Identification of the catalytic residues of sequence-specific and histidine-free ribonuclease colicin E5
Sakura Inoue-Ito; Shunsuke Yajima; Shinya Fushinobu; Shugo Nakamura; Tetsuhiro Ogawa; Makoto Hidaka; Haruhiko Masaki
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY, 2012年10月, ［査読有り］ - Blind prediction of quaternary structures of homo-oligomeric proteins from amino acid sequences based on templates
Morita M; Kakuta M; Shimizu K; Nakamura S
Journal of Proteome Science & Computational Biology, 2012年04月, ［査読有り］ - Prospects for Tertiary Structure Prediction of RNA Based on Secondary Structure Information
Satoshi Yamasaki; Shugo Nakamura; Kazuhiko Fukui
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2012年02月, ［査読有り］ - 2PT010 Prediction of the types of carbohydrate-binding proteins(The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Ge Zhenyi; Cao Wei; Sumikoshi Kazuya; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2012年 - 2PT101 アミノ酸保存度と相互作用エネルギーを組み合わせたタンパク質-リガンド結合部位予測手法の開発(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))
Tsujikawa Hiroto; Umeda Yusuke; Morita Mizuki; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2012年 - Mutually exclusive expression of Gαia and Gα14 reveals diversification of taste receptor cells in zebrafish.
Ohmoto M; Okada S; Nakamura S; Abe K; Matsumoto I
The Journal of comparative neurology, 2011年06月, ［査読有り］ - 1E1512 二次構造予測に基づく束縛付きマルチカノニカル分子動力学シミュレーションによるタンパク質の立体構造予測(ゲノム生物学、生命情報科学,第49回日本生物物理学会年会)
Nishimura Asahiko; Terada Tohru; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2011年 - 1E1412 Development of a method for predicting carbohtdrate-binding proteins(Genome biology, Bioinformatics,The 49th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)
Ge Zhenyi; Cao Wei; Sumikoshi Kazuya; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2011年 - 3B0936 サポートベクターマシンによる、Tail-anchoredタンパク質の識別(3B 膜蛋白質2,日本生物物理学会第49回年会)
Shigemitsu Shunsuke; Cao Wei; Sumikoshi Kazuya; Nakamura Shugo; Terada Tohru; Shimizu Kentaro
生物物理, 2011年 - Protein-Protein Docking Using Multi-layered Spherical Basis Functions
Kazuya Sumikoshi; Tohru Terada; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu
BIOSCIENCE, BIOCHEMISTRY AND BIOINFORMATICS, 2011年, ［査読有り］ - BUDDY-system: A web site for constructing a dataset of protein pairs between ligand-bound and unbound states
Mizuki Morita; Tohru Terada; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu
BMC Research Notes, 2011年, ［査読有り］ - Prediction of N-myristoylation modification of proteins by SVM.
Cao W; Sumikoshi K; Nakamura S; Terada T; Shimizu K
Bioinformation, 2011年, ［査読有り］ - 3P297 タンパク質立体構造予測サーバおよびモデル構造の品質評価プラットフォームの開発(生命情報科学-構造ゲノミクス,第48回日本生物物理学会年会)
Nakamura Shugo; Morita Mizuki; Kakuta Masanori; Shimizu Kentaro
生物物理, 2010年 - 3P016 タンパク質-タンパク質ドッキングへの分子内フレキシビリティの導入(蛋白質-構造,第48回日本生物物理学会年会)
Sumikoshi Kazuya; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2010年 - 2P295 糖質結合タンパク質の予測手法の開発(生命情報科学-構造ゲノミクス,第48回日本生物物理学会年会)
Ge Zhenyi; Cao Wei; Someya Seiji; Kakuda Masanori; Sumikoshi Kazuya; Terada Tohru; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2010年 - 1P-013 複数のサポートベクタマシンの組み合わせによるタンパク質局所構造予測法の開発(蛋白質-構造,第47回日本生物物理学会年会)
Nakamura Shugo; Kakuta Masanori; Shimizu Kentaro
生物物理, 2009年 - Computational Protocol for Screening GPI-anchored Proteins
Wei Cao; Kazuya Sumikoshi; Tohru Terada; Shugo Nakamura; Katsuhiko Kitamoto; Kentaro Shimizu
BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, PROCEEDINGS, 2009年, ［査読有り］ - Comprehensive analysis of sequence-structure relationships in the loop regions of proteins
S. Nakamura; K. Shimizu
Genome Inform., 2009年, ［査読有り］
筆頭著者, 責任著者 - 2P-027 精密化プロセスを含めたタンパク質-タンパク質ドッキング手法の開発(蛋白質・構造(2),第46回日本生物物理学会年会)
Sumikoshi Kazuya; Terada Tohru; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2008年 - 3P-290 ドメイン配列を用いたタンパク質間相互作用予測(生命情報科学・機能ゲノミクス,第46回日本生物物理学会年会)
Kakuta Masanori; Sumikoshi Kazuya; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2008年 - Prediction of Protein-Protein Interaction Sites Using Only Sequence Information and Using Both Sequence and Structural Information
Kakuta Masanori; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
IPSJ Digital Courier, 2008年 - Prediction of Protein-Protein Interaction Sites Using Only Sequence Information and Using Both Sequence and Structural Information
Kakuta Masanori; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
Information and Media Technologies, 2008年 - IgEb immune complexes activate macrophages through FcgammaRIV binding.
Masayuki Hirano; Randall S Davis; W David Fine; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu; Hirokazu Yagi; Koichi Kato; Robert P Stephan; Max D Cooper
Nature immunology, 2007年07月 - 2P010 分子動力学シミュレーションを用いたCARDOの酸化酵素部位の解析(蛋白質(構造・構造機能相関),ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
井上 悠; 寺田 透; 中村 周吾; 清水 謙多郎
生物物理, 2007年 - 1P132 主成分分析法を用いたタンパク質-DNA複合体構造のダイナミクス解析(核酸,ポスター発表,第45回日本生物物理学会年会)
山崎 智; 中村 周吾; 寺田 透; 清水 謙多郎
生物物理, 2007年 - The family 42 carbohydrate-binding module of family 54 alpha-L-arabinofuranosidase specifically binds the arabinofuranose side chain of hemicellulose.
Miyanaga A; Koseki T; Miwa Y; Mese Y; Nakamura S; Kuno A; Hirabayashi J; Matsuzawa H; Wakagi T; Shoun H; Fushinobu S
The Biochemical journal, 2006年11月, ［査読有り］ - 2P448 Improvement to a Protein-Protein Docking Algorithm by Introducing Layers in Molecular Expression Space(48. Bioinformatics, genomics and proteomics (II),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Sumikoshi Kazuya; Terada Tohru; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2006年 - 1P587 Folding free-energy landscapes of 10-residue proteins(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Satoh Daisuke; Shimizu Kentaro; Nakamura Shugo; Terada Tohru
生物物理, 2006年 - 1P060 Development of a protein tertiary structure prediction server(1. Protein structure and dynamics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Nakamura Shugo; Morita Mizuki; Kakuta Masanori; Shimizu Kentaro
生物物理, 2006年 - S2e1-3 Structural propensity of protein fragments and tertiary structure prediction of proteins(S2-e1: "Universality and diversity on the protein-folding problem",Symposia,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Nakamura Shugo; Ishida Takashi; Shimizu Kentaro
生物物理, 2006年 - 2P171 Dependency of thermostability on loop sequence in DNA minihairpin molecule revealed by locally enhanced sampling method(36. DNA to chromatin,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Yamasaki Satoshi; Nakamura Shugo; Terada Tohru; Shimizu Kentaro
生物物理, 2006年 - 1P486 Prediction of Protein-Protein Interaction Sites Using Evolutionary and Structural Information(23. Bioinformatics, genomics and proteomics (I),Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)
Kakuta Masanori; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
生物物理, 2006年 - Insight of the Signal Motif of GPI-(like)-anchored Proteins by using SVM.
Cao Wei; Kazuya Sumikoshi; Tohru Terada; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu
Proceedings of the 2006 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology, BIOCOMP'06, Las Vegas, Nevada, USA, June 26-29, 2006, 2006年, ［査読有り］ - 2P128 Locally enhanced sampling法による核酸ミニヘアピン分子の構造解析(核酸 A) 構造・物性))
山崎 智; 中村 周吾; 寺田 透; 清水 謙多郎
生物物理, 2005年 - 2P008 アミノ酸配列からのタンパク質disordered領域予測 : 立体構造予測の取り込みによる予測手法の改良(蛋白質 A) 構造))
石田 貴士; 中村 周吾; 清水 謙多郎
生物物理, 2005年 - DNA microarray analysis of cranial sensory ganglia identifies genes involved in somatosensation in craniofacial structures including oropharynx related to food intake
Matsumoto, I; S Nakamura; S Arai; Y Emori; K Abe
CHEMICAL SENSES, 2005年01月, ［査読有り］ - Programming environment based on distributed shared arrays for high-performance scientific computing
A Nomoto; W Kaneko; T Terada; S Nakamura; K Shimizu
2004 INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON APPLICATIONS AND THE INTERNET WORKSHOPS, PROCEEDINGS, 2004年, ［査読有り］ - Dynamical analysis of tRNA(Gln)-GlnRS complex using normal mode calculation
S Nakamura; M Ikeguchi; K Shimizu
CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 2003年04月, ［査読有り］
筆頭著者, 責任著者 - Refinement of Comparative-Modeling Structures by Multicanonical Molecular Dynamics
Cao Wei; Terada Tohru; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
Genome Informatics, 2003年, ［査読有り］ - Design and implementation of a parallel programming environment based on distributed shared arrays
W Kaneko; A Nomoto; Y Watanabe; S Nakamura; K Shimizu
HIGH PERFORMANCE COMPUTING, 2003年, ［査読有り］ - New method for parallel computation of Hessian matrix of conformational energy function in internal coordinates
S Nakamura; D Kyono; M Ikeguchi; K Shimizu
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, 2002年03月, ［査読有り］
筆頭著者, 責任著者 - 1K0915 SAM1半経験的分子軌道法を用いた一酸化窒素還元酵素Cytochrome P450norの反応機構解析(2.ヘム蛋白質,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
塚本 弘毅; 中村 周吾; 清水 謙多郎
生物物理, 2002年 - 1I1445 分子動力学法を用いたBtkタンパク質のPHドメインの基質認識に関する研究(1.蛋白質(C)物性,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
石田 敬義; 中村 周吾; 若松 猪策無; 福井 泰久; 清水 謙多郎
生物物理, 2002年 - 1J1115 局所構造情報を利用したタンパク質立体構造予測手法の開発(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
中村 周吾; 西村 健; 石田 貴士; 三木 隆; 佐々木 淳一; 日比 航介; 石塚 隆記; 清水 謙多郎
生物物理, 2002年 - 2R1545 NMRによるコリシンE6のRNase活性ドメインとそのインヒビターとの複合体の立体構造解析(1.蛋白質(A)構造,一般演題,日本生物物理学会第40回年会)
池谷 鉄兵; 伊藤 隆; 畑中 稔; 板倉 健人; 大野 光宏; 中村 周吾; 横山 茂之; 正木 春彦; 清水 謙多郎
生物物理, 2002年 - Automatic Improvement of Scheduling Policies in Parsley Parallel Programming Environment.
Masakazu Sekijima; Shinya Takasaki; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu
International Conference on Parallel and Distributed Computing Systems, PDCS 2002, November 4-6, 2002, Cambridge, USA, 2002年, ［査読有り］ - A Novel Method for Identification of Genes Contributing to the Pathological Classification Using cDNA Microarray
Kadota Koji; Okazaki Yasushi; Nakamura Shugo; Shimada Hiroshi; Shimizu Kentaro; Hayashizaki Yoshihide
Genome Informatics, 2000年, ［査読有り］ - Scheduling Policy and Mechanism of Parsley, A Parallel Programming En vironment
S. Takasaki; M. Sekijima; S. Nakamura; M. Ikeguchi; K Shimizu
Proceedings of the 12th IASTED International Conference on Parallel and Distributed Comp. and Sys tems, 2000年, ［査読有り］ - Prediction of Protein Structure Classes and Secondary Structures by Means of Hidden Markov Models
Hiroshi Yoshikawa; Mitsunori Ikeguchi; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu; Junta Doi
Systems and Computers in Japan, 1999年11月30日, ［査読有り］ - Hydrophobic effects: Roles of water and denaturants
M Ikeguchi; S Nakamura; K Shimizu
OLD AND NEW VIEWS OF PROTEIN FOLDING, 1999年, ［査読有り］ - Parsley: a Scalable Framework for Dependence-Driven Task Scheduling in Distributed-Memory Multiprocessor Systems
M. Sekijima; S. Takasaki; S. Nakamura; M. Ikeguchi; K. Shimizu
Proceedings of the eleventh IASTED International Conference on Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS '99), 1999年, ［査読有り］ - Parallel algorithm for efficient calculation of second derivatives of conformational energy function in internal coordinates
S Nakamura; M Ikeguchi; K Shimizu
JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, 1998年11月, ［査読有り］
筆頭著者, 責任著者 - Roles of hydrogen bonding and the hard core of water on hydrophobic hydration
M Ikeguchi; S Shimizu; S Nakamura; K Shimizu
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, 1998年07月, ［査読有り］ - A Study Using Sequence Comparison to Investigate the Molecular Evolution of Mitochondrial tRNA Genes
Sagara Jun-Ichi; Nakamura Shugo; Ikeguchi Mitsunori; Shimizu Kentaro
Genome Informatics, 1998年 - Sequence Analysis of the IRES-Loop III Region of Hepatitis C Virus
Sasano Takayoshi; Sagara Jun-Ichi; Nakamura Shugo; Ikeguchi Mitsunori; Shimizu Kentaro
Genome Informatics, 1998年 - A Novel Method to Detect Identities in tRNA Genes Using Sequence Comparison
Sagara Jun-Ichi; Shimizu Seishi; Kawabata Takeshi; Nakamura Shugo; Ikeguchi Mitsunori; Shimizu Kentaro
Genome Informatics, 1997年 - Parallel programming environment with dynamic resource management services: Design and application to molecular dynamics simulation
K Shimizu; A Oishi; H Ashihara; M Ikeguchi; S Nakamura
COMPUTERS AND THEIR APPLICATIONS, 1997年, ［査読有り］ - CONFORMATIONAL ENERGY MINIMIZATION USING A 2-STAGE METHOD
S NAKAMURA; H HIROSE; M IKEGUCHI; J DOI
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY, 1995年05月, ［査読有り］
筆頭著者 - DYNAMICS OF TRANSFER-RNAS ANALYZED BY NORMAL-MODE CALCULATION
S NAKAMURA; J DOI
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 1994年02月, ［査読有り］
筆頭著者 - VIBRATION ANALYSIS OF TRANSFER-RNAS USING NORMAL-MODE CALCULATION
S NAKAMURA; J DOI
COMPUTER AIDED INNOVATION OF NEW MATERIALS II, PTS 1 AND 2, 1993年, ［査読有り］
筆頭著者
MISC
- Atariにおける強化学習に対する物体アノテーションの効果
土倉正喜; 本多泰理; 中村周吾; 佐野 崇
情報処理学会第88回全国大会, 2026年03月 - 大規模言語モデルによる日本語曖昧表現の検出
伏見友貴; 本多泰理; 佐野 崇; 中村周吾
情報処理学会第88回全国大会, 2026年03月 - 大規模言語モデルを用いた意見データセットの生成
高田悠平; 本多泰理; 佐野 崇; 中村周吾
情報処理学会第88回全国大会, 2026年03月 - 大規模言語モデルを用いた古典恋歌の分類予測
竹澤里桜,高柳祐子,本多泰理,佐野 崇,中村周吾
情報処理学会第88回全国大会, 2026年03月 - MinecraftにおけるLLMエージェントを用いたプレイヤー体験の向上
吉野巧実; 中村周吾; 本多泰理; 佐野 崇
情報処理学会第88回全国大会, 2026年03月 - Minecraftエージェントにおける入力画像高解像度化の効果
赤間瑠衣; 中村周吾; 本多泰理; 佐野 崇
情報処理学会第88回全国大会, 2026年03月 - マルチモーダル型大規模言語モデルを活用した自動車運転時の危険予測
玉眞俊弥,本多泰理,佐野 崇,中村周吾
情報処理学会第87回全国大会, 2025年03月 - 動画拡散モデルを用いた少数データによる新規視点画像生成
柳 黎史; 中村周吾; 本多泰理; 佐野 崇
情報処理学会第87回全国大会, 2025年03月 - 大規模言語モデルによる現代短歌の評価
淺井 馨; 森美咲希; 岩崎拓未; 本多泰理; 佐野 崇; 高柳祐子; 中村周吾
情報処理学会第87回全国大会, 2025年03月 - NS5B-A218S Mutation Locating Along with the NTP Tunnel as a Factor Involved in Virologic Failure after Sofosbuvir/Ledipasvir Therapy in Patients with Genotype 1b HCV: Evaluation by Bioinformatics and Molecular Dynamics
Yoshihito Uchida; Shugo Nakamura; Jun-ichi Kouyama; Kayoko Naiki; Yukinori Imai; Nobuaki Nakayama; Tomoaki Tomiya; Satoshi Mochida
HEPATOLOGY, 2017年10月 - 希少放線菌Actinoplanes missouriensisの運動性胞子の走化性制御メカニズムの解析
木村知宏; 手塚武揚; 中村周吾; 奥寛雅; 大西康夫
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2015年03月05日 - 位置特異的スコアリングマトリックスとサポートベクターマシーンを用いた脂質結合タンパク予測手法の開発
植木快; 番野雅城; 中村周吾; 清水謙多郎
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2014年05月26日 - 好酸好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来の非リン酸化型グリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素におけるアロステリック制御にともなう構造変化
伊藤史晃; 三宅将之; 中村周吾; 清水謙多郎; 伏信進矢; 若木高善
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2014年03月05日 - Development of system that predict sugar binding protein and sugar binding site based o n protein sequence using support vector machine
Banno M; Komiyama Y; Sumikoshi K; Nakamura S; Shimizu K
The 2013 Annual Convention of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2013), 2013年10月 - Sequence derived predictor of lipid-binding proteins with support vector machine
Ueki K; Komiyama Y; Banno M; Nakamura S; Shimizu K
The 2013 Annual Convention of Japanese Society for Bioinformatics (JSBi2013), 2013年10月 - 希少放線菌Actinoplanes missouriensis運動性胞子のトラッキング顕微鏡観察
木村知宏; 手塚武揚; 中村周吾; 奥寛雅; 大西康夫
日本放線菌学会大会講演要旨集, 2013年09月05日 - 好酸好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来の非リン酸化型グリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素におけるアロステリック制御の解析
伊藤史晃; 知識秀祐; 清水謙多郎; 中村周吾; 伏信信矢; 若木高善
日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集, 2013年05月31日 - 超好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来のnon‐phosphorylating glyceraldehyde‐3‐phosphate dehydrogenaseにおけるアロステリック制御の解析
伊藤史晃; 知識秀祐; 中村周吾; 清水謙多郎; 伏信進矢; 若木高善
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2013年03月05日 - 古細菌由来の非リン酸化型グリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素におけるアロステリック制御の解析
伊藤史晃; 知識秀祐; 中村周吾; 清水謙太郎; 伏信進矢; 若木高善
日本農芸化学会関東支部受賞記念講演およびシンポジウム講演要旨集, 2012年10月27日 - 好酸好熱性古細菌Sulfolobus tokodaii由来のグリセルアルデヒド‐3‐リン酸脱水素酵素の機能解析
伊藤史晃; 知識秀祐; 中村周吾; 清水謙多郎; 伏信進矢; 若木高善
日本農芸化学会大会講演要旨集(Web), 2012年03月05日 - Prediction of carbohydrate-binding proteins from sequences using support vector machines
Kentaro Shimizu; Seizi Someya; Masanori Kakuta; Mizuki Morita; Kazuya Sumikoshi; Wei Cao; Zhenyi Ge; Osamu Hirose; Shugo Nakamura; Tohru Terada
Advances in Bioinformatics, 2010年 - Using a new GPI-anchored-protein identification system to mine the protein databases of Aspergillus fumigatus, Aspergillus nidulans, and Aspergillus oryzae
Wei Cao; Jun-ichi Maruyama; Katsuhiko Kitamoto; Kazuya Sumikoshi; Tohru Terada; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu
JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY, 2009年10月 - 次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線 第1章 インシリコ創薬進展に向けた次世代創薬基盤技術 3.タンパク質立体構造予測 2)de novoモデリング
中村周吾; 清水謙多郎
遺伝子医学MOOK, 2009年09月30日 - Anti-metatype peptides, a molecular tool with high sensitivity and specificity to monitor small ligands
Junko Inaba; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu; Tadao Asami; Yoshihito Suzuki
ANALYTICAL BIOCHEMISTRY, 2009年05月 - 9C24 抗ジベレリン抗体に対する抗メタタイプペプチドのスクリーニング(天然物化学・作用機構・抵抗性(植調剤),一般講演要旨)
稲葉 絢子; 中村 周吾; 清水 謙多郎; 浅見 忠男; 鈴木 義人
講演要旨集, 2009年02月27日 - CASP8会議参加報告
中村周吾; 森田瑞樹; 本野千恵
生物物理, 2009年 - γ phage由来lysin PlyGBのBacillus anthracis特異的結合に関する解析
吉川ひとみ; 藤波良仁; 中村周吾; 鈴木真一; 安田二朗; 上田卓也
日本分子生物学会年会講演要旨集, 2009年 - Alteration of the Substrate Specificity of the Angular Dioxygenase Carbazole 1,9a-Dioxygenase
Hiromasa Uchimura; Tadafumi Horisaki; Takashi Umeda; Haruko Noguchi; Yusuke Usami; Li Li; Tohru Terada; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu; Tetsuo Takemura; Hiroshi Habe; Kazuo Furihata; Toshio Omori; Hisakazu Yamane; Hideaki Nojiri
BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2008年12月 - Highly accurate method for ligand-binding site prediction in unbound state (apo) protein structures
Mizuki Morita; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2008年11月 - Prediction of protein-protein interaction sites using only sequence information and using both sequence and structural information
M. Kakuta; S. Nakamura; K. Shimizu
IPSJ Transactions on Bioinformatics, 2008年 - Mechanism of the difference in the binding affinity of E-coli tRNA(Gln) to glutaminyl-tRNA synthetase caused by noninterface nucleotides in variable loop
Satoshi Yamasaki; Shugo Nakamura; Tohru Terada; Kentaro Shimizu
BIOPHYSICAL JOURNAL, 2007年01月 - Potential for assessing quality of protein structure based on contact number prediction
Takashi Ishida; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, 2006年09月 - Folding free-energy landscape of a 10-residue mini-protein, chignolin
D Satoh; K Shimizu; S Nakamura; T Terada
FEBS LETTERS, 2006年06月 - アミノ酸配列によるタンパク質disorder領域の予測(複雑な多谷ポテンシャルエネルギー面上で生起する動力学諸問題-タンパク質とその周辺-,研究会報告)
石田 貴士; 中村 周吾; 清水 謙多郎
物性研究, 2006年 - アミノ酸配列によるタンパク質disorder領域の予測
石田貴士; 中村周吾; 清水謙多郎
物性研究, 2006年 - A gibberellin mimetic peptide recognized by an anti-gibberellin monoclonal antibody
Hikaru Hemmi; Takashi Murata; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu; Yoshihito Suzuki; Isomaro Yamaguchi
UNDERSTANDING BIOLOGY USING PEPTIDES, 2006年 - Structure, epitope mapping, and docking simulation of a gibberellin mimic peptide as a peptidyl mimotope for a hydrophobic ligand
T Murata; H Hemmi; S Nakamura; K Shimizu; Y Suzuki; Yamaguchi, I
FEBS JOURNAL, 2005年10月 - Structure of the terminal oxygenase component of angular dioxygenase, carbazole 1,9a-dioxygenase
H Nojiri; Y Ashikawa; H Noguchi; JW Nam; M Urata; Z Fujimoto; H Uchimura; T Terada; S Nakamura; K Shimizu; T Yoshida; H Habe; T Omori
JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY, 2005年08月 - Crystal structure of the terminal oxygenase component of cumene dioxygenase from Pseudomonas fluorescem IP01
Xuesong Dong; Shinya Fushinobu; Eriko Fukuda; Tohru Terada; Shugo Nakamura; Kentaro Shimizu; Hideaki Nojiri; Toshio Omori; Hirofumi Shoun; Takayoshi Wakagi
Journal of Bacteriology, 2005年04月 - A gibberellin mimetic peptide recognized by an anti-gibberellin monoclonal antibody
H Hemmi; T Murata; S Nakamura; K Shimizu; Y Suzuki; Yamaguchi, I
BIOPOLYMERS, 2005年 - Improvement of accuracy of free-energy landscapes of peptides calculated with generalized Born model by using numerical solutions of Poisson's equation
T Terada; T Ishizuka; S Nakamura; K Shimizu
BIOPHYSICAL JOURNAL, 2005年01月 - A fast protein-protein docking algorithm using series expansion in terms of spherical basis functions
SUMIKOSHI K.
Genome Inform, 2005年 - Improvement of accuracy of free-energy landscapes of peptides calculated with generalized Born model by using numerical solutions of Poisson's equation
T Ishizuka; T Terada; S Nakamura; K Shimizu
CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 2004年08月 - カルバゾール(CAR)/ダイオキシン分解酵素carbazole 1,9a‐dioxygenaseのterminal oxygenase component(CarAa)の機能改変
内村浩正; 芦川雄二; 寺田透; 中村周吾; 清水謙多郎; 羽部浩; 山根久和; 大森俊雄; 野尻秀昭
日本農芸化学会大会講演要旨集, 2004年03月05日 - Gene expression profiling of cranial sensory ganglia that transmit food intake stimuli
Matsumoto, I; S Nakamura; Y Emori; S Arai; K Abe
BIOFACTORS, 2004年 - Distributed Shared Arrays: Portable shared-memory programming interface for multiple computer systems
A. Nomoto; Y. Watanabe; W. Kaneko; S. Nakamura; K. Shimizu
Cluster Computing, 2004年 - DNA microarray cluster analysis reveals tissue similarity and potential neuron-specific genes expressed in cranial sensory ganglia
L Matsumoto; Y Emori; S Nakamura; K Shimizu; S Arai; K Abe
JOURNAL OF NEUROSCIENCE RESEARCH, 2003年12月 - SAM1 semiempirical calculations on the catalytic cycle of nitric oxide reductase from Fusarium oxysporum
K Tsukamoto; S Nakamura; K Shimizu
JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM, 2003年04月 - Development of an ab initio Protein Structure Prediction System ABLE
Ishida Takashi; Nishimura Takeshi; Nozaki Makoto; Inoue Tsuyoshi; Terada Tohru; Nakamura Shugo; Shimizu Kentaro
Genome Informatics, 2003年 - Detection of genes with tissue-specific expression patterns using Akaike's Information Criterion procedure
K. Kadota; S. I. Nishimura; H. Bono; S. Nakamura; Y. Hayashizaki; Y. Okazaki; K. Takahashi
Physiological Genomics, 2003年 - Purification and characterization of meta-cleavage compound hydrolase from a carbazole degrader Pseudomonas resinovorans strain CA10
H Nojiri; H Taira; K Iwata; K Morii; JW Nam; T Yoshida; H Habe; S Nakamura; K Shimizu; H Yamane; T Omori
BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY, 2003年01月 - 3K0930 計算機シミュレーションによるCumDと基質相互作用の解析(1.蛋白質(B)構造・機能相関,一般講演,日本生物物理学会第40回年会)
三木 隆; 中村 周吾; 伏信 進矢; 若木 高善; 清水 謙多郎
生物物理, 2002年10月10日 - Identification of genes regulating colorectal carcinogenesis by using the algorithm for diagnosing malignant state method
Y Ichikawa; T Ishikawa; S Takahashi; Y Hamaguchi; T Morita; Nishizuka, I; S Yamaguchi; Endo, I; H Ike; S Togo; S Oki; H Shimada; K Kadota; S Nakamura; H Goto; H Nitanda; S Satomi; T Sakai; Narita, I; F Gejyo; Y Tomaru; K Shimizu; Y Hayashizaki; Y Okazaki
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, 2002年08月 - Molecular dynamics study on hydrophobic effects in aqueous urea solutions
M Ikeguchi; S Nakamura; K Shimizu
JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY, 2001年01月 - A parallel programming environment with dependence-driven task scheduling in distributed-memory multiprocessor systems
M Sekijima; S Takasaki; S Nakamura; M Ikeguchi; K Shimizu
PARALLEL AND DISTRIBUTED COMPUTING SYSTEMS, 2000年 - サブタスク間の依存関係に基づくスケジューリング機構を備えた並列プログラミング環境の開発
情報処理学会論文誌プログラミング, 2000年 - Structural modeling of DNA mini-hairpin molecules with various loop sequences
S Nakamura; H Hirose; M Ikeguchi; K Shimizu
CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 1999年07月 - Size dependence of transfer free energies: A hard-sphere-chain-based formalism
S Shimizu; M Ikeguchi; S Nakamura; K Shimizu
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 1999年02月 - 動的資源管理機能を備えた並列プログラミング環境の開発と分子動力学シミュレーションへの応用
関嶋政和; 村田達也; 正木宏和; 中村周吾; 池口満徳; 清水謙多郎
情報処理学会全国大会講演論文集, 1998年10月 - Calculation of temperature dependence of free energy caused by potential function changes
M Ikeguchi; S Shimizu; K Tazaki; S Nakamura; K Shimizu
CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 1998年05月 - The use of sequence comparison to detect 'identities' in tRNA genes
JI Sagara; S Shimizu; T Kawabata; S Nakamura; M Ikeguchi; K Shimizu
NUCLEIC ACIDS RESEARCH, 1998年04月 - サブタスク分割による分子動力学シミュレーションの並列化 サブタスク間の依存関係を考慮した並列計算方式
村田達也; 関嶋政和; 正木宏和; 宮田忠明; 中村周吾; 池口満徳; 清水謙多郎
情報処理学会全国大会講演論文集, 1998年03月 - Molecular volume, surface area, and curvature dependence of the configurational entropy change upon solvation: effects of molecular bonding
S Shimizu; M Ikeguchi; S Nakamura; K Shimizu
CHEMICAL PHYSICS LETTERS, 1998年02月 - 隠れマルコフモデルによるタンパク質構造クラスの解析
吉川裕; 池口満徳; 中村周吾; 清水謙多郎; 土井淳多
電子情報通信学会論文誌, 1998年 - tRNA-ARS複合体の動特性解析
生物物理, 1998年 - Roles of hydrogen bonding and the hard core of water on hydrophobic hydration
M. Ikeguchi; S. Shimizu; S. Nakamura; K. Shimizu
J. Phys. Chem., 1998年 - A method of detecting identities in tRNA genes using sequence comparison
J Sagara; S Shimizu; T Kawabata; S Nakamura; M Ikeguchi; K Shimizu
PROTEIN ENGINEERING, 1997年 - DNAミニヘアピン分子の熱安定性の解析
生物物理, 1996年 - 拡散方程式法の改良による分子のエネルギ-最小化
分子研セミナー, 1996年 - 拡散方程式法の改良によるエネルギ-最小化の核酸ミニヘアピン分子への適用
生物物理, 1995年 - 核酸分子の基準振動モ-ド解析
生物物理, 1994年 - Normal Mode Visualization of Phe-tRNA Hinge Bending Motion
S. Nakamura; J. Doi
Album of Visualization, 1994年
書籍等出版物
- 分子シミュレーションによるHCVポリメラーゼの薬剤耐性変異解析, 消化器・肝臓内科 第6巻第6号 特集 II．新規技術の肝臓病研究への応用
中村周吾, 単著
科学評論社, 2019年12月 - バイオインフォマティクスと分子動力学シミュレーション, 先端医療シリーズ49「消化器疾患の最新医療」
内田義人; 中村周吾; 持田 智, 共著
先端医療技術研究所, 2018年09月, 査読無し - タンパク質立体構造予測 －de novoモデリング－, 遺伝子医学MOOK 14「次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線」, 竹田-志鷹, 梅山編, 49-54
メディカルドゥ, 2009年, 査読無し - バイオインフォマティクス・コンピューティング, Bryan Bergeron著, 清水, 中村監訳
オーム社, 2004年, 査読無し - 分子シミュレーションの並列計算法, 化学フロンティア8「生体系のコンピュータ・シミュレーション」, 岡崎, 岡本編, 50-62
化学同人, 2002年, 査読無し - OLD AND NEW VIEWS OF PROTEIN FOLDING
Excerpta Medica, 1999年, 査読無し - Improved Diffusion Equation Method for Large Molecules
Perspectives on Proten Engineering, 1995年, 査読無し - Vibration analysis of transfer RNAs using normal mode calculation
Computer Aided Innovation of New Materials, 1993年, 査読無し
講演・口頭発表等
- 機械学習法・深層学習の手法概要と生命科学分野への応用
中村周吾
BPCNPNPPP4学会合同年会, ［招待有り］ - 機械学習・深層学習と生命科学
中村周吾
計算生命科学の基礎8, 2021年10月06日, ［招待有り］ - 機械学習・深層学習と生命科学
中村周吾
計算生命科学の基礎VII, 2020年10月14日, ［招待有り］ - 肝炎研究へのバイオインフォマティクスによるアプローチ例
中村 周吾
日本肝臓学会大会・ランチョンセミナーC, 2019年05月30日, ［招待有り］ - 生命科学データのデータマイニングと分子シミュレーション ～タンパク質凝集性解析とNSAIDs・トレハロース相互作用解析～
中村 周吾
第161回日本獣医学会学術集会, 2018年09月12日, ［招待有り］ - アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測と4次構造予測
中村 周吾
第84回日本生化学会大会, 2011年09月23日, ［招待有り］ - Bilab in CASP9 －モノマーおよび複合体構造予測－
中村 周吾
IPAB公開セミナー, 2011年02月24日, ［招待有り］ - Bilab in CASP - de novo structure prediction, model quality assessment, and function prediction -
中村 周吾
Asian workshop for protein structure prediction, 2009年09月19日, ［招待有り］ - Bilab in CASP8 －モデル品質予測とリガンド結合部位予測を中心に－
中村 周吾
日本バイオインフォマティクス学会第９回創薬インフォマティクス研究会, 2009年01月19日, ［招待有り］ - Bilab in CASP7
中村 周吾
GSICシンポジウム, 2006年12月08日, ［招待有り］ - Structural Propensity of Protein Fragments and Tertiary Structure Prediction of Proteins
中村 周吾
EABS&BSJ2006, 2006年11月14日, ［招待有り］ - tRNAとアミノアシルtRNA合成酵素の相互作用
中村 周吾
CCSEワークショップ, 2005年01月27日, ［招待有り］ - Bilab in CASP6
中村 周吾
IPABセミナー, 2005年01月21日, ［招待有り］ - Recent advances in structure prediction and folding simulation of biomolecules by using computers
中村 周吾
IBC2004, 2004年12月01日, ［招待有り］
共同研究・競争的資金等の研究課題
