Shugo Nakamura

Department of Information Networking for Innovation and DesignProfessor
Course of　Information Networking for Innovation and DesignProfessor
Information Networking for Innovation and Design collaboration Hub for University and BusinessResearcher
Last Updated :2026/09/04

■Researcher basic information

Degree

  • Ph.D., The University of Tokyo
  • 博士（農学）, 東京大学

Research Interests

  • 生命情報科学
  • 生物情報工学
  • 計算機科学
  • information science

Research Areas

  • Informatics, Biological, health, and medical informatics, Bioinformatics
  • Informatics, Intelligent informatics, Machine Learning
  • Informatics, Statistical science, Data Science

■Career

Research History

  • Apr. 2017 - Present
    Toyo University, INIAD, Professor
  • Apr. 2016 - Mar. 2017
    The University of Tokyo, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, 准教授
  • Feb. 2002 - Mar. 2017
    Associate Professor, The Univ. of Tokyo
  • Apr. 2012 - Mar. 2016
    The University of Tokyo, 大学院情報学環, 准教授
  • Feb. 2002 - Mar. 2012
    The University of Tokyo, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, 准教授
  • Aug. 1995 - Jan. 2002
    The University of Tokyo, 大学院農学系研究科, 助手
  • Aug. 1995 - Jan. 2002
    Assitant Professor, The Univ. of Tokyo

Education

  • Apr. 1991 - Jul. 1995, The University of Tokyo, 大学院農学系研究科, 応用生命工学専攻
  • 1995, The University of Tokyo, Graduate School, Division of Agricultural Science
  • Apr. 1989 - Mar. 1991, The University of Tokyo, The Faculty of Engineering, Department of Mathematical Engineering and Information Physics
  • 1991, The University of Tokyo, Faculty of Engineering

■Research activity information

Papers

Misc.

Books and Other publications

  • 分子シミュレーションによるHCVポリメラーゼの薬剤耐性変異解析, 消化器・肝臓内科 第6巻第6号 特集 II．新規技術の肝臓病研究への応用　　　　　　　　　　　　　　　
    中村周吾, Single work
    科学評論社, Dec. 2019
  • バイオインフォマティクスと分子動力学シミュレーション, 先端医療シリーズ49「消化器疾患の最新医療」　　　　　　　　　　　　　　　
    内田義人; 中村周吾; 持田 智, Joint work
    先端医療技術研究所, Sep. 2018, Not reviewed
  • タンパク質立体構造予測 －de novoモデリング－, 遺伝子医学MOOK 14「次世代創薬テクノロジー 実践:インシリコ創薬の最前線」, 竹田-志鷹, 梅山編, 49-54　　　　　　　　　　　　　　　
    メディカルドゥ, 2009, Not reviewed
  • バイオインフォマティクス・コンピューティング, Bryan Bergeron著, 清水, 中村監訳　　　　　　　　　　　　　　　
    オーム社, 2004, Not reviewed
  • 分子シミュレーションの並列計算法, 化学フロンティア8「生体系のコンピュータ・シミュレーション」, 岡崎, 岡本編, 50-62　　　　　　　　　　　　　　　
    化学同人, 2002, Not reviewed
  • OLD AND NEW VIEWS OF PROTEIN FOLDING　　　　　　　　　　　　　　　
    Excerpta Medica, 1999, Not reviewed
  • Improved Diffusion Equation Method for Large Molecules　　　　　　　　　　　　　　　
    Perspectives on Proten Engineering, 1995, Not reviewed
  • Vibration analysis of transfer RNAs using normal mode calculation　　　　　　　　　　　　　　　
    Computer Aided Innovation of New Materials, 1993, Not reviewed

Presentations

  • Overview of machine learning/deep learning methods and their application to the life sciences　　　　　　　　　　　　　　　
    Shugo Nakamura
    BPCNPNPPP4学会合同年会, [Invited]
  • Machine Learning, Deep Learning and Life Sciences　　　　　　　　　　　　　　　
    Shugo Nakamura
    The Basics of Bioinformatics 8, 06 Oct. 2021, [Invited]
  • Machine Learning, Deep Learning and Life Sciences　　　　　　　　　　　　　　　
    Shugo Nakamura
    The Basics of Bioinformatics VII, 14 Oct. 2020, [Invited]
  • 肝炎研究へのバイオインフォマティクスによるアプローチ例　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    日本肝臓学会大会・ランチョンセミナーC, 30 May 2019, [Invited]
  • 生命科学データのデータマイニングと分子シミュレーション ～タンパク質凝集性解析とNSAIDs・トレハロース相互作用解析～　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    第161回日本獣医学会学術集会, 12 Sep. 2018, [Invited]
  • アミノ酸配列からのタンパク質立体構造予測と4次構造予測　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    第84回日本生化学会大会, 23 Sep. 2011, [Invited]
  • Bilab in CASP9 －モノマーおよび複合体構造予測－　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    IPAB公開セミナー, 24 Feb. 2011, [Invited]
  • Bilab in CASP - de novo structure prediction, model quality assessment, and function prediction -　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    Asian workshop for protein structure prediction, 19 Sep. 2009, [Invited]
  • Bilab in CASP8 －モデル品質予測とリガンド結合部位予測を中心に－　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    日本バイオインフォマティクス学会第９回創薬インフォマティクス研究会, 19 Jan. 2009, [Invited]
  • Bilab in CASP7　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    GSICシンポジウム, 08 Dec. 2006, [Invited]
  • Structural Propensity of Protein Fragments and Tertiary Structure Prediction of Proteins　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    EABS&BSJ2006, 14 Nov. 2006, [Invited]
  • tRNAとアミノアシルtRNA合成酵素の相互作用　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    CCSEワークショップ, 27 Jan. 2005, [Invited]
  • Bilab in CASP6　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    IPABセミナー, 21 Jan. 2005, [Invited]
  • Recent advances in structure prediction and folding simulation of biomolecules by using computers　　　　　　　　　　　　　　　
    中村 周吾
    IBC2004, 01 Dec. 2004, [Invited]

Research Projects